目前，我國食品安全標準體系存在的主要問題包括：一是“標準”太多，互相矛盾。經常出現同樣產品在不同部門質量抽查結果截然相反的情況。而不同層次的標準如國家標準、部門標準、行業標準、地方標準等也經常矛盾。食品安全“標準”過多，已成為我國食品安全監管的突出問題之一。二是標準“執行難”。食品安全標準“執行難”的原因主要是標準分散交叉，缺乏協調機制。目前的各類食品標準分散于農業、質監、衛生等六七個部門。而多頭監管實際上造成了“誰都管不好”的局面，出現了一些監管的“真空地帶”，出了問題后又互相推諉，或默不作聲。三是標準“老化”問題突出。國內標準與國際標準的距離還相當大。國內一些食品標準明顯老化，技術含量低，大多低于國際標準。四是標準內容不適用、不配套。以葡萄酒為例，1984年，我國頒布第一個葡萄酒產品標準。1994年，又有一個國家標準和兩個行業標準出臺。除此之外還有企業標準。但即使代表國內葡萄酒最高水平的國家標準，也沒有確定產品質量等級，劃分產品層次。標準內容的不適用不配套削弱了葡萄酒產品的質量約束力，導致市場上葡萄酒產品魚龍混雜、質量不高。
    為此建議：
    1.盡快建立健全食品安全標準體系
    全面清理現行食品標準；以食品安全標準為重點，組織各有關全國標準化技術委員會調整食品標準體系結構；加快食品標準的制定和修訂，重點為食品衛生標準（重點補充完善農藥、獸藥、生物激素、有害重金屬元素、有害微生物限量和檢驗方法標準）、食品生產安全控制標準等；進一步提高食品安全標準的通用性，以便于其他標準引用，具體產品標準原則上不再單獨制定衛生指標，所涉及的衛生要求應引用相應的國家強制性衛生標準。
    2.加強標準的基礎性與科學性研究
    加強標準的基礎性研究和危險性評估等方法的研究，提高標準的科學性和合理性。加強食品質量安全標準與食品標識、物流標準的前期研究，特別是開展食品中有毒有害物質殘留限量、轉基因產品安全評價以及檢驗方法等方面的標準研究，提高標準的科學性；開展危險性評估等科學方法在標準制定和修訂過程中應用的研究，提高標準的合理性和有效性；同時，積極開展利用標準手段保護國內食品市場的技術性貿易措施和跨越國外技術性壁壘的研究。
    3.加強對國外先進標準的跟蹤和轉化研究
    加強國際標準化組織發布的標準、指南等技術文件的搜集、分析和研究，對適合國情和發展需要的國際標準，要盡快轉化為國內標準；同時，積極引導企業實質性參與國際標準化活動，鼓勵企業大力推行和使用采標標志，提高中國食品標準的總體水平。