2002年，教育部出臺了《普通高等學校本科教學工作水平評估方案》, 對普通高等學校本科教學工作、綜合辦學實力以及高校各項工作進行五年一輪的評估，評估的結論分為優秀、良好、合格和不合格四種。由于評估結果決定著高校政策優惠、資金劃撥、生源和當地政府扶持力度，各高校莫不高度重視，傾注了大量的人力物力和財力。
但據某門戶網站對“現行本科教學評估的效果”調查表明，有79.02％認為效果很差。究其原因，有以下四點：一、評估過份強調評估材料，忽視實際教育質量。為了符合評估指標，做好評估材料，在評估期間，在校長 “一把手問責制”的重壓之下，學校的一切工作圍著評估轉，上至教授下至學生都被動員起來，忙于填寫各種表格、總結、匯報材料，影響了實際的教學質量。二、資金浪費嚴重。為使評估順利通過，高額聘請有評估經驗的專家預評估，或請他們做評估報告；為趕造各式各樣的表格、記錄、文件的教工忙于加班；為了讓評估專家進校后獲得比較好的外觀印象，特意建志性建筑、景點；評估團進校后又有高規格的接待等等。據知情人士透露，一次評估下來最起碼花費1000萬。這些費用除高校自已承擔外，部分地方政府為會盡力從財政上給予經費支持。三、評估專家事先告知高校，影響評估的權威性。評估專家主要是由各大學校長、教務處長組成，在評估前名單已經公布給被評估學校，一些高校會與評估專家進行不恰當的溝通，客觀上影響了評估的權威性。四、評估結果的有效性不足。2005年4月21日教育部公布了2004年接受評估的54所高校的評估結論：其中30所高校“優秀”、19所高校“良好”、5所高校“合格”。整個一個倒置的金字塔，優秀的比良好的多，良好的比合格的多，不合格的沒有。這樣的結果顯然無法鼓勵學校將評估作為改進提高教學質量的一種機會，從而損害了評估的有效性。
為完善高等學校本科教學質量評估工作，建議如下：
一、堅持分類評價。教育主管部門和教育評估機構對不同類別、不同層次、不同規模的大學進行評估，應建立多層次的評估標準，給評估機構以自主運行的空間，以求達到評價的實效。
二、評估機構獨立化。應盡快把現有由教育主管部門設立的評估組織(如全國學位與研究生教育發展中心等)與政府脫鉤，真正實現政府對教育的規劃調節、宏觀管理、指導監督的職能。學校內部的教學質量評估則可由學校自己的教學質量評估機構完成。無論評估結果如何，一切評估費用由高校自行解決。中介機構在公開、公正、公平原則下廣聘專家，公布專家名單，評估團入住學校的時間和專家向被評估學校保密，采用記名投票，公示評估結果，防止評估過程中因人情、關系等因素造成的暗箱操作。
三、評估結果分通過與否兩種。不對高校評估結果進行排名，而只分通過或沒有通過兩種。
四、評估專家的慎重選擇。按照自愿申請的原則，吸收教育工作者和社會上的專業人員共同組成多個專家組，根據學校自身的質量評價體系抽取其中的有疑問指標進行評估。
五、加強社會輿論監督。教育主管部門要通過設置舉報電話，對評估過程中出現的造假和評估人員違反評估紀律等問題，要快速及時地進行查處。同時，要制定保護舉報人的合法權利的相應措施。