近年來，通過加大基礎設施建設投入，目前湖州市已基本形成了與全市生產力相適應、鐵公水一體化、較為完善的交通運輸網絡，為全市經濟社會發展提供了堅實的交通支撐和保障。尤其是我市豐富的內河航運資源，更是以其廉價、環保、節能和承運量大，適應大宗貨物運輸的優勢和特點，為我市的貨物物流提供了條件。據統計，2006年我市共完成水路貨物運輸量9301萬噸、周轉量134億噸公里，分別占全社會貨運總量的50%和80%。全市21個內河港口共完成貨物吞吐量13320萬噸，其中湖州港完成貨物吞吐量4607萬噸，位居全國十大內河港口第八位。水運運輸收入約10億元左右，并解決了約2萬余人的就業問題，帶動了沿河船舶修造業的發展，為地方經濟發展作出了積極貢獻。
降低物流成本是提高效益的重要措施，發達國家物流成本一般占GDP的10％，而發展中國家的物流成本大多占到GDP的30％左右。照此推算，通過發展現代物流業，降低百分十的物流成本，我市則可增加收入70多億（按2006年全市生產總值760億計）。因此，從降低物流成本的角度考慮，充分發揮湖州內河港口在物流業中的作用，應該是推進我市在杭湖寧城市帶中間率先崛起的最具優勢的戰略資源之一。同時，湖州港總體規劃已通過了交通部和省政府聯合組織的會審，這為湖州更好地發揮內河航運的優勢創造了條件。
雖然湖州港近幾年發展成績顯著，也面臨著空前的發展機遇，但在發展過程中還存在一些問題，需要引起重視：
1、碼頭建設無序，集約化和規?；潭鹊?。全市內河港口碼頭總吞吐能力雖然已超億噸，但在港口碼頭的設計和建設中科技含量很低，碼頭建設和經營主體散、亂、弱、小，有相當一部分碼頭未經正規設計、施工、驗收，沒有相應等級標準和技術要求。碼頭布局非常零亂，到處是裝卸礦石等礦建材料的小型碼頭。目前境內貨主自用碼頭達85%，公用碼頭僅占15%，尤其是集裝箱、糧食、煤炭等專用碼頭泊位數量很少。
2、運輸組織結構不合理，貨物中轉、配送、集散無法滿足客戶需要。湖州港是長三角地區礦建材料的主要供應地，出港貨物中占75%的礦建材料，目前主要由中小企業和個體經營，流通環節多，產、運、銷信息不靈。
3、內河集裝箱運輸發展緩慢，與現代港口物流發展趨勢差距巨大。這幾年我市外向型經濟高速發展，工業生產快速增長，全市進出口適箱貨物約占整個地區進出口貨物總量的70%，2006年約18萬標準箱。2003年8月，湖州又開通了至上海的集裝箱內河支線運輸，實現了集裝箱水運零的突破。據測算，湖州至上海的集裝箱運輸，水運與陸運相比，每個標箱至少可節約300元。這些都為我市發展水運集裝箱運輸創造了有利條件，但目前我市水運集裝箱發展還處在起步階段，運輸規模十分有限，經營集裝箱運輸的港口碼頭和物流企業處于舉步維艱的狀況。
4、臨港工業不發達，發展潛力有待開發。發展臨港工業的主要優勢在于可以減少原材料、產品運輸途中的中轉次數，最大限度地降低運輸成本。雖然我市近年來已經引進一些臨港工業項目，但規模不大，尚未使我市豐富的內河航運資源得以充分利用和發揮。
5、港口建設資金不足。按照湖州港總體規劃的發展思路，“十一五”期間港口碼頭建設資金缺口巨大，如航道等級的提升、堆場的擴建、泊位等級的提高等都需大量資金的投入。
針對上述問題，提出如下幾點建議以供參考：
1、建立領導機構，加強對港口碼頭資源整合工作的領導。按照“一市一港”的目標，整合現有的港口碼頭資源，是一項事關全市經濟發展長遠利益的重大戰略舉措，需要全市上下各部門、各單位共同參與，密切配合。建議由市政府牽頭建立由市主要領導親自掛帥的強有力領導機構，全市一盤棋，保證港口碼頭資源的整合、優化、提高，達到“以港興市”的目的。
2、落實港口總體規劃，全面提升臨港工業發展水平。規劃是臨港工業發展的依據和前提，湖州港總體規劃已通過了交通部和省政府的會審，隨著長三角產業布局的調整，我市將成為承接制造業轉移的重點地區。因此，要在現有規劃的基礎上高度重視臨港工業的發展，以港口為依托，推進產業集聚，優化產業布局，提升產業層次，努力打造長三角先進制造業基地。要建設大園區，做大港口碼頭發展平臺。以培育港區特色產業為主攻方向，重點規劃和建設港口碼頭依托型特色園區，努力增強載體功能，推進要素聚集。同時，加強港口碼頭的改造升級，主動適應船舶大型化、運輸集約化、泊位深水化的要求，對現有500多家的碼頭進行整合改造，做大做強一部份社會公用碼頭。
3、依托港口優勢，建立現代物流基地。適應現代物流市場發展，改變不合理的運輸結構，拓展港口服務功能，根本途徑在于建立物流基地。現代物流基地應該由多功能、規?；呢浳锱渌椭行臉嫵?。港口碼頭可以利用自身倉庫改造成適應物流服務用途的配送中心，提供給物流企業經營；引進國內外船運公司和制造、物流企業資金，投資建設專用物流配送中心，在港區周圍形成配送中心和倉儲群。從我市各港口碼頭基礎設施水平和現有服務能力來看，鐵公水中轉港的基礎設施建設、港口服務能力等具備了發展物流基地的條件，可依托它建設現代物流基地，解決現在該中轉港吞吐量不足的問題。政府還應在土地和稅收等政策上給予配送中心大力支持。
4、大力發展集裝箱運輸業，促進港口碼頭功能的提升。從產業結構看，我市屬于勞動密集型產業結構，處于產業鏈分工底端，適箱貨物較高。我們可以從以下幾個方面發展集裝箱運輸業：第一，準確定位湖州港在長三角尤其與上海港在集裝箱運輸體系中的地位，大力發展航線和航班，選擇有實力的船運公司參與湖州港的投資和經營，提高集裝箱的貨源和中轉量。第二，拓展貨源腹地。集裝箱的運輸需要穩定的貨源和一定規模的商品，我市作為浙北要塞，交通條件比較優越，尤其是申蘇浙皖高速的通行更是拓展了湖州港的經濟腹地。政府應加強對湖州港的宣傳，制訂相關政策扶持集裝箱運輸的發展；港口企業自身應主動出擊，爭取更多穩定的貨源。第三，提高港口管理水平，增強服務競爭力。進一步加強港口的系統建設，提高通航能力、倉儲能力、裝卸能力；提高港區服務質量，提高信息處理水平，減少作業環節，降低物流成本。
5、加快投融資體制改革，籌措港口發展資金。第一，建立港口建設專項發展基金。專項基金來源主要有：港區內企業的稅收返還、港口岸線使用費等。同時加強對港口專項發展資金的監管，列入地方預算內資金，由財政專戶存儲，實行收支兩條線管理。第二，港口土地開發。結合湖州港總體規劃，航道整治和港池開挖圍墾，港務部門可取得土地開發的使用權和開發權，開發獲益資金全部用于港口港區建設。第三，投資主體多元化。除國家和地方政府成為投資主體外，應鼓勵國企、民營、外資成為港口建設的投資主體，廣泛吸引有充足貨源的企業、臨港工業企業以獨資、合資等多種方式參與港口建設。第四，在港口融資上，應采取多種金融工具，合理確定經營期限和價格，兼顧各方利益。