由于“小產權房”交易行為沖破了我國現行的集體所有制土地的流轉限制，6月18日，國家建設部對購買“小產權房”的居民發出風險提示，建議居民不要購買，否則，該產權無法得到國家確認。隨后，土地行政管理機關也發文制止“小產權房”的違法建設行為。但這些嚴管通告并未使“小產權房”的交易和建設止步，相反還有在全國各地不斷漫延的趨勢。
要根治“小產權房”的問題，得先清楚其成因。“小產權房”是隨著九十年代初期的廣東、浙江、江蘇等省改革開放和城市化推進應運而生的，其產生諸多社會原因。主要有：一、工業建設、城市公共設施建設需征用大量的農村集體所有土地，規劃區內村民有大量的住房和宅基地使用權閑置，并可滿足城鎮居民住房需求。近年來，各省在規劃區范圍內大量拆遷的村民住房，按各自安置補償政策，一般每戶3人以內安置一處宅基地（50平方米內），7人以內安置100平方米以內宅基地一處，且最高可建造5層以下的規劃的要求。一戶4人的家庭最多可建造500平方米的安置房，人均住房面積在100平方米以上。而且村民被拆遷補償安置的宅基地通常緊靠城市或工業區，完全可以分享接近甚至超過城鎮的公共設施和社會服務，能滿足城鎮居民的擇房需求。二、對農村宅基地的相關管理不完善。九十年代中后期開始，由于管理體制原因，房屋和其所占有的土地使用權分別由建設和土地行政管理機關各自進行權屬登記。許多地區的建設行政機關直接將農村宅基地上非宅基地使用權人建造的房屋直接登記在建造人名下。甚至部分商業銀行也為此提供建房或裝飾按揭貸款。這在一定程度上助長了“小產權房”的非法建設和交易行為。三、國家對被征地農民的補償政策嚴重滯后。迫使失地農民以僅存的有限資源（宅基地使用權）換取其將來的生產、生活保障。1986年頒布施行的《土地管理法》第47條規定，對被征地農民的補償安置標準不得超過土地前3年平均產值的30倍。該標準20年不變。在經濟相對發達地區的浙江省某市，盡管在“國發（2004）28號《決定》”前就實行了“土地區片綜合價”進行征地安置補償，而被征地的農民獲得的所有補償僅夠重建一處當地通常標準的住房。失地農民中的部分村民，將補償安置后的宅基地以非法轉讓的方式變賣，以補償子女就學、就醫和另行謀取生計的資本。四、國家在對城鎮居民和農村村民在擁有完整房屋產權資源的配置上存在“城鄉差別”。國家對農村村民宅基地使用權流轉的限制和對城鎮居民“房改房”以及“經濟適用房”限期上市交易政策的差別對待，以及國家以建設用地為由低價征用農民土地并高于征地價10倍甚至更高價出讓土地使用權參與集體所有土地資源再分配政策，以浙江某市為例，工業用地競價出讓價是政府征地成本的10倍以上，商業用地則更高，達20倍以上，這使村集體和農民心理嚴重失衡，不顧法律政策的限制，從容地從事非法土地使用權轉讓，甚至為非法建造、轉讓的房屋頒發“鄉、村產權證書”。五、全國各主要城市、經濟發達地區的持續上漲的高房價趨勢，也成了“小產權房”非法交易的“驅動力”。據了解，北京的“小產權房”價格是該地區“商品房”價格的30%。
綜上，“小產權房”現象，涉及經濟法律、行政管理、道德誠信、社會公平等諸多領域的社會因素。產生時間較長、關聯利益主體面廣量大，而且都是人民群眾最直接的利益問題，處理起來較為復雜。因此，要立足“以人為本”的理念，以“發展”的思路，理性、慎重、妥善地進行。如涉及立法解決城鄉社會資源配置不平衡問題，可通過調研并立法解決。涉及當前繼續擴散的“小產權房”問題，則可通過土地、建設行政管理機關的監管控制來解決。涉及已建部分的小產權房，在國家規范性文件出臺以前，可由省、市、自治區出臺地方性規范性文件予以解決。
為此具體建議如下：
一、全國人大常委會在國土資源部調研的基礎上，結合廣東等省試行的村集體所有的村民宅基地流轉方式經驗，修改《中華人民共和國土地管理法》中的部分條款。允許農村村民的宅基地使用權于該地上房屋竣工之日起5年后，可被國家征用并出讓給受讓該房屋的購房者。
允許農村村民對合法擁有的宅基地使用權以協商、競價的方式，通過國家征用后，定向出讓給宅基地使用權的受讓者。
上述二種形式出讓宅基地使用權獲得的出讓金，由國家、原擁有土地所有權的村集體、原宅基地使用者的村民各按三分之一分配。另涉及宅基地使用權人贈與、繼承方式轉讓該使用權的，僅限于使用權人個人可得的三分之一部分等值的權益。
二、全國人大常委會應將《中華人民共和國城市房地產管理法》修改為《中華人民共和國房地產管理法》。將城鎮、農村（含農村村民在宅基地上建造的房屋）的房地產都納入該法的范圍進行調整。
三、全國人大常委會、國務院應修改《中華人民共和國城市房地產管理法》、《土地登記規則》、《城市房屋權屬登記管理條例》的有關法律、行政法規規定，強制實行“房地產權屬一證制”。規定縣級以上地方人民政府由一部門統一負責房產管理和土地管理工作，制作并頒發統一的《房地產權證書》。以解決現行的土地、房屋分割管理發證的缺陷。
四、對于違法在建“小產權房”的違法行為人，由縣級以上土地行政管理機關、建設行政管理機關依照《中華人民共和國土地管理法》、各省級地方性規章《土地監察條例》和《村莊和集鎮規劃管理條例》有關規定，責令違法行為人立即停止違法行為，對違法搶建的，依法強制拆除。
五、對于已建成的“小產權房”，根據實際情況，分別作出處理。
各省、市、自治區應盡快就處理“小產權房”出臺相應的規范性文件。 對已建成的“小產權房”符合土地利用總體規劃和不嚴重違反村莊集鎮建設規劃的，由土地行政機關按《中華人民共和國城市房地產管理法》第73條規定，沒收地上建筑物和其他設施，可并處罰款。經有關機構評估符合頒發產權證的規劃、質量條件的，可按國家處理罰沒物的形式，許可“小產權房”的違法行為人定向購回，購房人購房款上繳國庫，按程序補辦國有土地出讓以及房地產權屬登記。這樣既依法執行了法律，又讓違法者增加了違法行為的成本。同時又減少國家財產的損失，且又不違反法律的規定（法律不禁止定向處理罰沒品）。
對于已建成的“小產權房”違反土地利用總體規劃或符合土地利用總體規劃，但嚴重違反村莊集鎮建設規劃的，責令違法行為人限期拆除，否則依照《土地管理法》第73條規定，沒收該建筑物和其他設施，可并處罰款。