資本主義工商業的社會主義改造基本完成以后，民建工作的重點是加強對會員和工商業者的思想工作，幫助他們改造政治立場和世界觀，并組織參加勞動，把自己改造成為自食其力的社會主義勞動者。
    1957年，全國開展反右派斗爭，民建從批判章乃器開始，組織會員和工商界骨干分子，投入這場運動。由于反右派斗爭的嚴重擴大化，全省工商界人士被錯劃為右派分子者，人數達818人，其中民建會員121人。反右派斗爭后，進行整風，開展“向黨交心”，即自我思想揭露和批判。
    1958年，在全國“大躍進”形勢的影響下，是年2月民建中央、全國工商聯號召各地組織，積極推動會員“自我改造大競賽，投人生產大躍進，力爭三年內改造成為自食其力的勞動者”。民建省工委提出“保證三年，力爭提前，把自己改造成為自食其力的勞動者”。有些工商業者提出要“三放”，即放棄定息，放棄高薪，下放勞動。對此，中共中央統戰部副部長徐冰根據中共中央指示，在1959年元旦招待民建、工商聯人士的宴會上宣布了“五不變”政策。即：定息政策不變，領不領聽便，高薪不變，政治上適當安排不變，學銜不變，根本改造不變。
    1959年，中共開展全國性的反右傾運動，當時會員的心情緊張，怕運動又搞到自己頭上來。是年9月15日，毛澤東主席對黨外人士講了“三個大有進步”：民主黨派大有進步，知識分子大有進步，工商界大有進步。宣布黨外不“反右傾”。會員的思想有所穩定。此時，民建的工作是組織會員學習總路線、“大躍進”、人民公社的有關文件和文章，推動會員積極為社會主義建沒服務，為“大躍進”貢獻力量。
    1960年2月，國家主席劉少奇在民建中央、全國工商聯召開的“神仙會”上重申“五不變”政策。即：定息不變，高薪不變，政治安排不變，學銜不變，生活待遇不變。號召廠商界要“顧一頭，一邊倒”。即：顧國家利益、人民利益這一頭，倒向社會主義一邊。一心一意跟黨走，一心一意接受社會主義改造，一心一意為社會主義服務。民建會員思想上緊繃著的弦有所松弛。學習和思想教育的方式也有聽改變：以和風細雨的方式。采取“三自”，“三不”(自己提出問題，自己分析問題，自己解決問題；不抓“辮子”，不戴“帽子”，不打“棍子”)的方針。民建會員和工商業者在“神仙會”上講心里話，暢抒胸臆，堅定了接受改造，走社會主義道路的信心和決心。提出“聽毛主席話，跟共產黨走，走社會主義道路”的行動綱領，提高了為社會主義服務的枳極性。面對當時遇到的三年經濟閑難，能夠以積極的態度，與共產黨同心同德，同甘共苦，振奮精神，積極工作，共度困難。
    民建對會員和工商業者進行思想政治工作的另一種重要形式是舉辦工商界講習班和工商界政治學校。1956年8月，中共浙江省委制訂《關于組織和幫助資產階級分子進行政治學習和理論學習的三年(1956－1958)規劃》。當年末，杭州、寧波、溫州等市民建、工商聯在中共市委統戰部的幫助下，辦起了工商界講習班，組織會員和工商界骨干分子1.5萬余人，進行脫產學習。1958年12月，舉辦浙江省政治學校，學員是各界人士，包括部分民建、工商聯骨干分子。共辦2期，每期4個月。1962年10月以后，改辦“浙江省工商界政治學校”，專門輪訓民建會員和工商界人士，共辦了3期，每期2至5個月。主要學習社會發展史，認識社會主義代替資本主義是歷史發展的必然規律，堅定走社會主義道路的信念。
    在“千萬不要忘記階級斗爭”，“階級斗爭要年年講，月月講，天天講”的思想路線指導下，1963年開始，對民建會員在“神仙會”上暴露的一些思想認識問題，以及在會上講的真心話，被歸納為所渭“思想大反復”。在組織學習時，以批判“大反復”為主題，有的會員被點名批判。之后，又組織會員和工商業者學習有關“四清”和國際上“反對修正主義”等方面的文件和文章，進行“三個主義”(愛國主義，社會主義，國際主義)教育。
    這一時期，民建組織基本停止發展。全省民建會員從1956年的1067人減至1966年的944人。“文革”后又減至808人(1980年統汁)。民建會員在省、市政府擔任的領導職務逐漸減少。凡被劃為“右派分子”或戴上其他政治“帽子”的，均被撤銷政府職務；任基層領導職務的，在下放勞動后自然去職；有的在政府的領導職務作了凋整(如副市長調任政協副主席)。在政協和人大代表中，仍保留民建代表人士。如1958年10月省政協二屆一次會議產生的副主席、常委、委員中，民建會員被選為副主席1人，常委7人，委員33人。1964年9月省政協三屆委員中，民建會員當選的副主席2人，常委5人，委員30人；但在“階級斗爭為綱”的思想指導下，民建組織及會員，頭上有“帽子”，是“改造對象”，參政議政、民主監督的積極性大為削弱。
    1966年7月至1976年10月的“文革”期間，民建組織被迫停止活動，機關房屋被強占，辦公用具被搶掠，領導成員被揪斗，機關干部進廠校勞動，成員受沖擊，有的被迫害致死。