當前，中藥材經營管理中存在的問題較多，突出表現在藥材炮制、藥材儲藏及從業人員素質等方面：
一、部分個體藥店和私人診所的中藥材加工炮制不規范。許多中藥材飲片未按照《浙江省中藥炮制規范》進行操作，有的中藥飲片應炒未炒，應炙未炙，出現毛貨上柜配方，中藥材未經過加工炮制就缺乏療效，發揮不了作用，甚至有害無利；還有些藥材連泥帶土上柜銷售，如“蟬衣”不經水洗就用于配方，很不衛生，危害病人健康,又造成資源浪費。
二、部分個體藥店“租證”經營，不重視藥品質量管理。一些藥店老板未受過相關專業培訓和從醫職業道德教育，借用他人職業資格證書，掛牌經營。藥店聘用的從業人員中，部分不具備中醫藥專業知識，業務水平低，有的連處方藥名都不認識，中藥的別名更不用說了。
三、部分藥店中藥材保管儲藏不過關，藥材變質腐爛。中藥材對存放溫度、濕度、通風和存放密度、時間等均有較高的要求，但部分藥店不重視保管儲藏工作，而且將霉爛變質、蟲蛀結串、鼠咬浸水的不合格藥材上柜。
為此，建議：
一、強化對藥店從業人員的資格檢查。建立完善中醫藥工作人員的管理、培訓、教育機制。對不具備相關資格的從業人員要責令藥店予以清退或轉崗，中藥柜臺的營業員必須要持有中醫藥相關資格證書，具備中醫藥業務知識；每年組織醫院、藥店的中醫藥工作人員開展相關培訓，提高業務水平和服務質量。
二、建立健全中醫藥藥材質量監督的長效管理機制。實施經常化的監督，對檢查不合格的藥店及藥品名，通過新聞媒體進行曝光；對經營不合格藥品的藥店、診所進行處罰；對不合格藥材予以沒收、銷毀，保證群眾用上合格、安全的中藥材。